Alcalicoop mantiene una estricta política de prevención contra el lavado de activos y la financiación del terrorismo. Para mitigar estos riesgos, se ha implementado un sistema basado en las directrices de la superintendencia de la economía solidaria (circular básica jurídica título V), el grupo de acción financiera internacional (GAFI) y la unidad de información y análisis financiero (UIAF).
Este sistema incluye controles y medidas de debida diligencia en cada proceso interno, evitando que la cooperativa sea utilizada para la legalización de recursos ilícitos o la financiación de actividades delictivas. Además, cuenta con un oficial de Cumplimiento principal y un suplente, debidamente registrados ante los entes de supervisión, encargados de velar por la aplicación rigurosa de las normativas.